à Tout les Shaarlieurs qui souhaitent implanter un système de commentaire sur leurs Shaarli, j'ai trouvé la solution !
Disqus, Non je rigole. Mais j'ai trouvé une alternative OpenSource à ce soft centralisé et traceur. HashOver. Simple d’installation et d'utilisation.

PS : voici le code à implanter dans le fichier tpl/linklist.html de votre dossier Shaarli:

<!-- Embed Comments -->
<div id="hashover"></div>
<script type="text/javascript" src="../../hashover.php"></script>
<noscript>You must have JavaScript enabled to use the comments.</noscript>
<!-- /Embed Comments -->

Pourquoi ../../hashover.php ? parce-que shaarli rajoute tpl/ avant l'url (Je ne sais pas pourquoi) et voici mon arborescence

/
/hashover.php
/hashover/
/shaarli/
/shaarli/tpl/

=> tpl/../../hashover.php

PS2 : J'ai l'impression que HashOver doit ce trouver à la racine pour fonctionner.